加速器運轉小組負責加速器的運轉操作。各子系統故障的維修通報與分析，光源穩定性的監視與配合用戶需求的微調整。以便能維持加速器的高可靠運轉，主要的操作在控制室完成。 控制室是一個加速器設施的神經中樞，運轉人員可經由各系統傳送至控制室之資料及儀器之分析所得以了解射束的特性，人員及儀器的安全等。並可經由電腦網路將指令傳送至各子系統，以修正射束之行為，控制室內主要之設施大致上略分四大類：
電腦工作站
電腦工作站為各子系統資訊傳遞，及指令下達的樞鈕，運轉人員及利用圖形化的人機介面下達指令，及修正各子系統或元件產生之錯誤。這些工作站經電腦網路，聰慧的區域控制器及軟體，將子系統及元件狀態訊息送回控制室；其中重要的系統元件及資訊包含磁鐵電源供應器，高頻系統，注射元件，電子束運行軌道，真空讀值，插件元件之狀態，及電子束損失分佈狀態等。系統資料庫均能以每秒十次之頻率，快速在工作站上將資料更新。個人電腦亦在控制室中扮演重要的角色，用以減輕工作站上龐大資料處理之負荷，及資料之傳送瓶頸。個人電腦在控制室中主要擔任加速器參數存檔資料之分析及解讀；真空腔壁溫度之監控；真空殘餘氣體之分析；輻射劑量之及時監測；另利用有線電視系統及個人電腦結合，將儲存環的重要參數，在不同的頻道上展現，使實驗用戶能快速獲得儲存環電子束之特性資料。
精密分析儀器
精密之量測儀器主要包含：
類比，及數位示波器，寬頻之頻譜分析儀，其主要之功能為分析電子束於真空儲存環運行時產生之特徵貧頻率，電子束在儲存環內的填充及分佈狀況，注射期間脈衝磁鐵的波型吻合狀況，觸發時間延遲之正確性等。是運轉人員必需熟悉及操作之儀器。
輻射防護系統
輻射安全防護系統，主要用以防止工作人員於射束運轉期間誤闖入高輻射劑量區域。於運轉前，需將逗留人員強制離開，將管制區域完全隔離後方能進行運轉之準備工作。語音系統，及警示聲響伴隨管制與強制離開之動作同時進行。
監視器電視螢幕
監視器及螢幕分別安裝於注射器，儲存環，實驗區域等各個角落。其中另有數個監視器安裝於電子運行之真空腔中，以便用來進行最初始調動射束位置及角度之工具。同步輻射光的大小，及位置特性，亦可經由螢幕監視器，及其中一條光束線之引出光源量測得到，運轉人員更透過監視器，隨時注意到可能發生的人員及機器安全問題。