總統科學獎自民國90年開始舉辦，每兩年頒發一屆，旨在提升台灣在國際學術界的地位，並獎勵數理科學、生命科學、社會科學及應用科學領域，在國際學術研究上具創新性且貢獻卓著之學者，尤以對台灣社會有重大貢獻之基礎學術研究人才為優先獎勵對象，是我國最高榮譽之科學研究獎項。本中心特聘研究員暨董事陳建德院士、中央研究院生化所客座講座暨本中心資深用戶王惠鈞院士分別榮獲2016-2017年數理科學組和生命科學組總統科學獎之榮耀，其在學術研究的傑出成果與重大貢獻再次受到高度肯定。
總統科學獎委員會表示，陳建德院士及王惠鈞院士長期深耕數理科學及生命科學領域，進行科學創新突破，成果豐碩，成就非凡。兩位得獎人的科學成就及重要貢獻，不僅提升台灣學術聲譽及國際競爭力，對於增進人類生活福祉更有深遠的影響，實為台灣學術界的最高典範。
陳建德院士為本中心特聘研究員暨董事，專長為凝態物理、軟X光能譜及散射、同步輻射光束線及實驗站設計建造、同步加速器規劃及興建。陳院士曾發明高解析軟Ｘ光分光儀，對能譜學及凝態物理具有先驅性貢獻，並領導台灣加速器光源設施之興建發展，大幅提升我國的科研競爭力及國際學術地位。
王惠鈞院士為中央研究院生物化學研究所客座講座，專長為結構生物、生物物理、生物化學。王院士是本中心多年資深用戶，不僅科學成就卓越，更積極協助本中心建立世界級的蛋白質結晶學實驗設施，促使台灣蛋白質結晶學領域的蓬勃發展。